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《國家中長期科學和技術發(fā)展規(guī)劃綱要(2006——2020年)》規(guī)定了全面推進中國特色國家創(chuàng)新體系建設的重點之一，就是要建設各具特色和優(yōu)勢的區(qū)域創(chuàng)新體系。區(qū)域創(chuàng)新體系的建設可以從不同方面推進區(qū)域經濟的協調發(fā)展。

1、區(qū)域創(chuàng)新體系必須為國家創(chuàng)新體系服務，為區(qū)域協調發(fā)展服務

區(qū)域創(chuàng)新體系是國家創(chuàng)新體系的重要組成部分和重要基礎，是國家創(chuàng)新體系在區(qū)域層次上的延伸，國家創(chuàng)新體系必須依靠區(qū)域層次上的創(chuàng)新來支撐。對于我們這樣一個內部差距比較明顯的大國來說，建設區(qū)域創(chuàng)新體系尤其重要。

區(qū)域創(chuàng)新體系建設既要服務地方，又要為建設國家創(chuàng)新體系服務。必須站在國家戰(zhàn)略的高度，遵從國家創(chuàng)新體系的整體設計，把提高區(qū)域創(chuàng)新能力與實現國家目標、完成國家任務、完善國家創(chuàng)新體系結合起來，作為建設國家創(chuàng)新體系的重要內容，通過創(chuàng)建區(qū)域創(chuàng)新體系來逐步健全和完善國家創(chuàng)新體系。

2、建設區(qū)域創(chuàng)新體系必須形成區(qū)域協調機制，重視區(qū)域分工合作

實際上，建設區(qū)域創(chuàng)新體系與發(fā)展區(qū)域經濟是完全一致的，要打破行政區(qū)劃的界限所形成的制約，更加重視和努力擴大區(qū)域內在的經濟和科技聯系。建設跨行政區(qū)域甚至跨省級行政區(qū)域的區(qū)域創(chuàng)新體系，其中特別重要的是要建立起服務于區(qū)域創(chuàng)新的協作網絡,推動地區(qū)之間的科技交流與合作；按照優(yōu)勢互補、利益共享的原則,鼓勵和引導企業(yè)、科研機構、高等學校以及社會各類科技資源進行整合；組織實施跨行政區(qū)的科研開發(fā)和產業(yè)化工程項目；引導各級各類人才和生產要素跨區(qū)流動。

3、建設區(qū)域創(chuàng)新體系必須與產業(yè)發(fā)展相結合，發(fā)揮產業(yè)集群的協調作用

建設區(qū)域創(chuàng)新體系必須發(fā)揮已有的區(qū)域特色和區(qū)域優(yōu)勢，特別是重視產業(yè)優(yōu)勢，與產業(yè)集群的發(fā)展相結合，因為創(chuàng)新最后要靠產業(yè)發(fā)展才能實現經濟和社會效益。創(chuàng)新不能是孤立的行為，需要與外界大量交換信息，因此創(chuàng)新是與環(huán)境聯系在一起的。產業(yè)集群是企業(yè)創(chuàng)新的一種生態(tài)系統，客觀上帶有區(qū)域特征，是區(qū)域創(chuàng)新體系的建設基地。

4、建設區(qū)域創(chuàng)新體系必須以政府為主導，充分發(fā)揮市場機制的作用

根據《國家中長期科學和技術發(fā)展規(guī)劃綱要(2006——2020年)》，國家創(chuàng)新體系是以政府為主導、充分發(fā)揮市場配置資源的基礎性作用、各類科技創(chuàng)新主體緊密聯系和有效互動的社會系統。區(qū)域創(chuàng)新體系是國家創(chuàng)新體系的重要組成部分和基礎，同樣應該堅持政府主導，充分發(fā)揮市場機制的作用。

地方政府具有貼近企業(yè)貼近市場的優(yōu)勢，要在區(qū)域創(chuàng)新體系建設中發(fā)揮主導作用，成為區(qū)域內制度變革和區(qū)域性調控的主體，特別是發(fā)揮不同地區(qū)在形成相對統一的區(qū)域市場和區(qū)域創(chuàng)新服務平臺等方面的協調功能。