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鐵路司法機(jī)關(guān)現(xiàn)行體制存在的問題主要有：司法公正難以保障、案件管轄易起爭端、法律適用不統(tǒng)一、人事任免與權(quán)力機(jī)關(guān)脫離。這就對鐵路司法體制改革提出了急迫的要求。

十六大報(bào)告在談到“政治建設(shè)和政治體制改革”時(shí)明確提出“推進(jìn)司法體制改革”，改革目的是“在全社會實(shí)現(xiàn)公平和正義”。但是司法體制改革首先是一個(gè)制度性的問題，其中涉及的諸多深層次問題已超過了司法機(jī)關(guān)的職權(quán)范圍。司法體制改革的目標(biāo)應(yīng)是向“司法權(quán)國家化”方向發(fā)展，結(jié)束或最大程度改善目前司法分割的現(xiàn)象，制度設(shè)計(jì)應(yīng)符合最大限度保證司法獨(dú)立，實(shí)現(xiàn)司法公正、公平和國家法制統(tǒng)一，同時(shí)保持改革的最低成本支出。

據(jù)此，我們建議在鐵路系統(tǒng)建立在“兩高”（即高法、高檢）統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)下的三級三審制垂直司法體制，徹底脫離鐵路企業(yè)，同時(shí)結(jié)束目前地方司法機(jī)關(guān)跨行政區(qū)域管轄的現(xiàn)象。

1.在機(jī)構(gòu)設(shè)置方面，在北京設(shè)立全國鐵路專門人民檢察院和全國鐵路專門人民法院，級別等同于省級檢察院和法院，分別管轄相當(dāng)于省級人民檢察院和人民法院的一二審與鐵路有關(guān)的專門案件，并實(shí)行相應(yīng)的業(yè)務(wù)監(jiān)督、指導(dǎo)，同時(shí)調(diào)整現(xiàn)行檢察分院和中級法院及基層檢察院和法院，根據(jù)全國鐵路布局并結(jié)合各地經(jīng)濟(jì)文化發(fā)展現(xiàn)狀和趨勢重新設(shè)置機(jī)構(gòu)及配置人員，以最大程度實(shí)現(xiàn)訴訟資源的合理配置。

2.在人事任免方面，首先應(yīng)著重解決鐵路專門司法機(jī)關(guān)人員的主體身分，從鐵路現(xiàn)職職工序列中剝離出來，使其任職合法化。由“兩高”根據(jù)實(shí)際需要統(tǒng)一制定鐵路專門司法機(jī)關(guān)人員編制，將符合現(xiàn)行法律對司法人員資格規(guī)定的鐵路專門司法機(jī)關(guān)工作人員直接轉(zhuǎn)為國家司法工作人員，日后鐵路專門司法機(jī)關(guān)人員的錄用應(yīng)遵循國家統(tǒng)一的司法人員錄用標(biāo)準(zhǔn)，以結(jié)束現(xiàn)行鐵路專門司法機(jī)關(guān)工作人員既是鐵路職工又依法行使司法權(quán)的尷尬局面。

在具體人事任免方面，有兩種方案可供選擇：

一是鐵路系統(tǒng)司法機(jī)關(guān)人員的任命由全國人大常委會授權(quán)“兩高”統(tǒng)一任免。依據(jù)檢察院組織法和法院組織法、檢察院官法和法官法的有關(guān)規(guī)定，全國鐵路專門人民檢察院檢察長和全國鐵路專門人民法院院長可以由最高人民檢察院檢察長和最高人民法院院長分別提請全國人大常委會任免，檢察分院檢察長、中級法院院長分別由全國鐵路專門人民檢察院檢察長和全國鐵路專門人民法院院長報(bào)至“兩高”任免，基層院的檢察長和院長分別由檢察分院和中級法院報(bào)至全國鐵路專門檢察院和全國鐵路專門人民法院任免。

二是將鐵路檢察分院、中級法院及基層檢察院和法院的有關(guān)人事任免與地方人大掛鉤，即由上述司法機(jī)關(guān)所在地的上級人大常委會任免。

上述兩種任免方式比較而言，第一種方式更為可取。目前我國招致諸多批評的“司法權(quán)地方化”現(xiàn)象，理論界和實(shí)務(wù)界一致認(rèn)為地方司法機(jī)關(guān)人、財(cái)、物受制于地方的緣由之一。而第一種任免方式一方面既擺脫鐵路對司法的干預(yù)，同時(shí)也避免了地方對司法的影響，另一方面鐵路專門檢察院、法院可以名正言順的跨行政區(qū)域管轄。

3.在財(cái)政支出方面，由“兩高”分別制作鐵路系統(tǒng)司法機(jī)關(guān)的財(cái)政預(yù)算上報(bào)中央，由中央從鐵路上繳的財(cái)政中設(shè)立鐵路專門司法機(jī)關(guān)專項(xiàng)基金撥付“兩高”，再由“兩高”分別下發(fā)各級鐵路專門司法機(jī)關(guān)。同時(shí)在鐵路專門司法機(jī)關(guān)中實(shí)行收支一條線，司法機(jī)關(guān)通過辦案得到的收入亦通過“兩高”上繳中央財(cái)政。這種方式的財(cái)政管理體制改革，既能保證鐵路專門司法機(jī)關(guān)的經(jīng)費(fèi)，又能使鐵路專門徹底脫離鐵路企業(yè)。

4.監(jiān)督體制的設(shè)立。建議針對鐵路專門司法機(jī)關(guān)設(shè)立三級監(jiān)督體制：一是人大監(jiān)督，即“兩高”在每年向全國人大或其常委會提交的述職報(bào)告中應(yīng)單列鐵路專門司法機(jī)關(guān)的工作匯報(bào)；二是鐵路專門司法機(jī)關(guān)應(yīng)實(shí)行檢務(wù)公開和院務(wù)公開，接受公眾輿論的監(jiān)督；三是鐵路專門司法機(jī)關(guān)同時(shí)接受其上級檢察機(jī)關(guān)、法院和其內(nèi)部黨組的監(jiān)督。

5.法制統(tǒng)一和法律適用方面。建議進(jìn)一步明確鐵路專門司法機(jī)關(guān)的案件管轄范圍，實(shí)行專屬管轄為主，屬地管轄為輔的管轄原則。

另外，為日后運(yùn)作便利，建議在兩院組織法層面上重新明確鐵路系統(tǒng)司法機(jī)關(guān)專門司法機(jī)關(guān)的性質(zhì)。

我們有理由相信，鐵路專門司法機(jī)關(guān)通過上述機(jī)構(gòu)設(shè)置、人事、財(cái)政改革，將最大限度地接近司法體制改革的目標(biāo)，同時(shí)為下一步在更大范圍內(nèi)實(shí)行司法體制改革提供借鑒模式。