導(dǎo)語：論英語科技論文的技巧一文來源于網(wǎng)友上傳，不代表本站觀點，若需要原創(chuàng)文章可咨詢客服老師，歡迎參考。

前言

我的第一篇英語科技論文寫作是把在科大的學(xué)士畢業(yè)論文翻譯成英文。當(dāng)我一九九零年從紐約州立大學(xué)博士畢業(yè)時，發(fā)表了20多篇英語論文。但是，我對怎樣寫高質(zhì)量科技論文的理解仍舊處于初級階段，僅知道盡量減少語法錯誤。這是因為大多數(shù)時間我都欣然接受我的博士指導(dǎo)老師Dr.GeorgeStell和Dr.HaroldFriedman的修改，而不知道為什么要那樣改，也沒有主動去問。這種情況一直持續(xù)到我去北卡州立大學(xué)做博士后。我的博士后指導(dǎo)老師Dr.CarolHall建議我到鄰近的杜克大學(xué)去參加一個為期兩天的寫作短訓(xùn)班。這堂由Gopen教授主辦的短訓(xùn)班真使我茅塞頓開。第一次，我知道了讀者在閱讀中有他們的期望，要想寫好科技論文，最有效的方法是要迎合他們的期望。這堂寫作課幫我成功地完成了我的第一個博士后基金申請，有機會進入哈佛大學(xué)Dr.MartinKarplus組。在哈佛大學(xué)的五年期間，在Karplus教授的指導(dǎo)下，我認識到一篇好的論文需要從深度廣度進行里里外外自我審查。目前，我自己當(dāng)了教授，有了自己的科研組，也常常審稿。我覺得有必要讓我的博士生和博士后學(xué)好寫作。我不認為我自己是寫作專家。我的論文也常常因為這樣或那樣的原因被退稿。但是我認為和大家共享我對寫作的理解和我寫作的經(jīng)驗教訓(xùn)，也許大家會少走一些我走過的彎路。由于多年未用中文寫作，請大家多多指正。

導(dǎo)言

通常來講，研究生和博士后從他的導(dǎo)師那兒得到研究方向。經(jīng)過多次反復(fù)試驗，得到一些好的結(jié)果。接下來他們需要對得到的數(shù)據(jù)進行總結(jié)和分析，寫成論文。一篇精寫的論文更容易被高檔雜志接受。而寫得不好的論文很可能被退稿。論文的數(shù)量和質(zhì)量是學(xué)生和導(dǎo)師事業(yè)發(fā)展的敲門磚。不成文，便成仁，是學(xué)術(shù)生涯的寫照。

很多學(xué)生以為當(dāng)結(jié)果到手的時候研究就結(jié)束了。他們寫的草稿，常常把原始數(shù)據(jù)放在一起，沒有對方法和數(shù)據(jù)進行詳細分析，沒有對當(dāng)今論文的評述。事實上，寫作是研究不可分割的一部分。此刻是弄懂方法的成功與失敗，尋找結(jié)果的解釋及其隱含的意義，以及與其他相關(guān)研究進行比較的時候。

我們?yōu)槭裁葱枰趯懽魃先绱苏J真努力？原因很簡單。一個研究結(jié)果只有在被別人使用時才有意義。而想被別人使用，文章必須能引起其他科學(xué)家的興趣，而且得保證其他人能看懂并可以重復(fù)和再現(xiàn)你的結(jié)果。只有可以被理解的研究才會被重復(fù)，也只有可以被再現(xiàn)的工作才能導(dǎo)致別人的引用和跟蹤。而你的論文被引用的數(shù)量常常用來衡量研究的影響力。從某種角度看，寫作就像是把你的工作成果推銷給其他的科學(xué)家。

為了更好的推銷，科學(xué)論文必須滿足它獨特的顧客：由聰明能干的科學(xué)家組成的尖端讀者。它必須能先說服（通常也是競爭對手的）同行們，因為他們的評審是文章在發(fā)表前的第一道關(guān)口。同時，它也必須滿足一般讀者的要求。為了達到這個目標(biāo)，我們首先要理解他們需要什么？

讀者需要什么？

你的文章的潛在讀者可能有剛進入這領(lǐng)域的新手：大學(xué)生和研究生，也有專家（潛在審稿人)。他們對你的領(lǐng)域會有不同程度的了解。因此，寫文章的時候應(yīng)該力求簡單到可以被新手理解，同時深刻到可以引起專家的興趣。

所有的科學(xué)家（不論是學(xué)生還是他們的導(dǎo)師)往往都很忙。大量期刊雜志使他們不可能仔細閱讀每一篇論文。他們通常希望能在最短時間內(nèi)找到文章最重要的信息。典型的情況是如果文章標(biāo)題不吸引人，他們或許就會跳過這篇論文。如果文章的摘要沒有包含重要的新方法或新結(jié)果，他們不會去讀這篇文章。即使已經(jīng)決定要讀的論文，他們也會跳過很多段落直接去找自己最感興趣的地方。因此，保證文章的結(jié)構(gòu)能使讀者很快找到所需的信息非常重要。文章的關(guān)鍵在于結(jié)構(gòu)，不在于語法。語法錯誤易改，結(jié)構(gòu)錯誤則往往讓人無從下手，不知所云。我審過一些國內(nèi)同行的論文，結(jié)構(gòu)問題很常見。

總之，一篇文章只有在不需太多努力就可以理解的情況下才會被廣泛地引用。文章清晰的關(guān)鍵就是使讀者能在他們想找的地方找到他們需要的東西。這也就是說，要想讓讀者不費力理解你的論文，你必須費力去滿足他們的期望。

讀者期望什么？

讀者對句子的期望

1.讀者希望在句子的開始看到熟悉的信息。句子是文章的最小功能單元。最容易理解的句子是整句都在說讀者知道的東西。但這對科技論文是不可能的，因為只有新的東西才會被發(fā)表。事實上科技論文通常會包含很多新術(shù)語，所以一個容易理解的句子應(yīng)該從讀者熟悉的信息（或剛剛提過的）開始而以新信息結(jié)束，并在它們之間平滑地過渡。好文章的所有句子都應(yīng)該這樣從舊到新地平滑過渡。寫好一句開頭的金科玉律是問問你自己：“我以前有沒有提過這個概念？”大多數(shù)文章很難讀是因為很多新概念在沒有被介紹之前就使用了。例如：

Samplesforthe2-dimensionalprojectionofkinetictrajectoriesareshowninFigure7.Thecoilstatesarelooselygatheredwhilethenativestatescanformablackclusterwithextremelyhighdensityinthe2-dimensionalprojectionplane.

這里從第一句到第二句信息無法流動。“Thecoilstates”不知道是從何而來的。讀者會發(fā)現(xiàn)下面改動后的句子更容易明白。

KinetictrajectoriesareprojectedontoxxandyyvariablesinFigure7.Thisfigureshowstwopopulatedstates.Onecorrespondstolooselygatheredcoilstateswhiletheotheristhenativestatewithahigherdensity.

在這個新段里，新插入的第二句使每句均能從舊信息出發(fā)到新信息結(jié)束。第一句與第二句之間以“Figure”相連而第二句與第三句之間以“twostates”相連。而新信息“coilstates”則出現(xiàn)在第三句的最后。整段環(huán)環(huán)相連，成為一個整體。再看一個例子：

TheaccuracyofthemodelstructuresisgivenbyTM-score.Incaseofaperfectmatchtotheexperimentalstructure,TM-scorewouldbe1.

在第二個句子里，舊信息“TM-score”被埋在中間，被新信息“aperfectmatchtoexperimentalstructure”打斷了。這里建議修改如下：

TheaccuracyofthemodelstructuresismeasuredbyTM-score,whichisequalto1ifthereisaperfectmatchtotheexperimentalstructure.

科技寫作中的最大問題就是新舊信息順序顛倒。新信息和舊信息對作者來說可能不是很好區(qū)分，因為他非常熟悉所有的信息。為了避免這種問題，不管什么時候，每當(dāng)你開始寫新句，你應(yīng)該問問自己，這些詞前面有沒有被提到過。一定要把提到過的放前面，沒提過的放后面。

2.讀者想在主語之后立刻看到行為動詞。對一個說明誰在做什么的句子，讀者需要找到動詞才能理解。如果動詞和主語之間相隔太遠，閱讀就會被尋找動詞打斷。而打斷閱讀就會使句子難以理解。這里有個例子：[1]

ThesmallestURFs(URFA6L),a207-nucleotide(nt)readingframeoverlappingoutofphasetheNH2-terminalportionoftheadenosinetriphosphatase(ATPase)subinit6genehasbeenidentifiedastheanimalequivalentoftherecentlydiscoveredyeastH+-ATPasesubunit8gene.

同樣的句子，將動詞放在主語之后：[1]

ThesmallestoftheURFsisURFA6L,a207-nucleotide(nt)readingframeoverlappingoutofphasetheNH2-terminalportionoftheadenosinetriphosphatase(ATPase)subinit6Gene;ithasbeenidentifiedastheanimalequivalentoftherecentlydiscoveredyeastH+-ATPasesubunit8gene.

這樣新的句子就更加平衡了。盡量避免過長的主語和過短的賓語。這就像頭重腳輕的人很難站穩(wěn)。短的主語緊跟著動詞加上長的賓語效果會更好。

3.讀者期望每句只有一個重點，這個重點通常在句尾。比較下面兩個句子，我們可以感覺到他們著重強調(diào)不同的東西。[1]

URFA6LhasbeenidentifiedastheanimalequivalentoftherecentlydiscoveredyeastH+-ATPasesubunit8gene.

RecentlydiscoveredyeastH+-ATPasesubunit8genehasacorrespondinganimalequivalentgeneURFA6L.

很明顯，前面的句子是關(guān)于一個最近發(fā)現(xiàn)的酵母基因，而第二句則著重強調(diào)了它有一個和動物一致的基因。另外一個例子：[1]

Theenthalpyofhydrogenbondformationbetweenthenucleosidebases2-deoxyguanosine(dG)and2-deoxycytidine(dC)hasbeendeterminedbydirectmeasurement.

這個句子看起來好像是在強調(diào)“directmeasurement”。這不太像是原作者的目的。顛倒一下會使句子更加平衡。[1]

Wehavedirectlymeasuredtheenthalpyofhydrogenbondformationbetweenthenucleosidebases2-deoxyguanosine(dG)and2-deoxycytidine(dC).

新的句子更簡單而且更短，同時避免了頭重腳輕的癥狀?？傊?，句尾是讀者對該句最后的印象。把最好的，最重要的，和想要讀者記住的東西放在句尾。

讀者對段落的期望

每一個段落都應(yīng)該只講一個故事。在一段里表述多個觀點會使讀者很難知道該記住什么、這段想表達什么。一段的第一句要告訴讀者這一段是講什么的。這樣讀者想跳過這段就可以跳過。一段的最后一句應(yīng)該是這段的結(jié)論或者告訴讀者下一段是什么。段落中的句子應(yīng)該由始到終通過邏輯關(guān)系連接，實現(xiàn)由舊信息到新信息的流動。比如這一段：[1]

Theenthalpyofhydrogenbondformationbetweenthenucleosidebases2-deoxyguanosine(dG)and2-deoxycytidine(dC)hasbeendeterminedbydirectmeasurement.dGanddCwerederivatizedatthe5and3hydroxylswithtriisopropylsilylgroupstoobtainsolubilityofthenucleosidesinnon-aqueoussolventsandtopreventtheribosehydroxylsfromforminghydrogenbonds.Fromisoperibolictitrationmeasurements,theenthalpyofdC:dGbasepairformationis-6.650.32kcal/mol.

很難知道作者在這段里想表達什么。從這段的起始和結(jié)束看來，焓(enthalpy)應(yīng)該是他想表達的重點。下面是重新組合后的段落。[1]

Wehavedirectlymeasuredtheenthalpyofhydrogenbondformationbetweenthenucleosidebases2-deoxyguanosine(dG)and2-deoxycytidine(dC).dGanddCwerederivatizedatthe5and3hydroxylswithtriisopropylsilylgroups;thesegroupsservebothtosolubilizethenucleosidesinnon-aqueoussolventsandtopreventtheribosehydroxylsfromforminghydrogenbonds.TheenthalpyofdC:dGbasepairformationis-6.650.32kcal/molaccordingtoisoperibolictitrationmeasurements,

首句描述了整段的主題。原段里的第一句顛倒是為了1）使新信息“dG”和“dC”在句子最后并強調(diào)它們。2）更好地跟下面一句銜接。原段里的第二句被分成兩部分，這樣每一部分只表達了一個觀點。最后一句時總結(jié)整段。再看另一個例子：[1]

Largeearthquakesalongagivenfaultsegmentdonotoccuratrandomintervalsbecauseittakestimetoaccumulatethestrainenergyfortherupture.Theratesatwhichtectonicplatesmoveandaccumulatestrainattheirboundariesareapproximatelyuniform.Therefore,infirstapproximation,onemayexpectthatlargerupturesofthesamefaultsegmentwilloccuratapproximatelyconstanttimeintervals.Ifsubsequentmainshockshavedifferentamountsofslipacrossthefault,thentherecurrencetimemayvary,andthebasicideaofperiodicmainshocksmustbemodified.

在這個例子里，前兩句共同闡明了積累張力的速度（RateOfStrainAccumulation)。然而，第一句里的舊信息并沒有放在第二句的開始。讀者讀到第三句的時候通常就不明白這段到底要講什么了。更清晰的描述應(yīng)該如下：[1]

Largeearthquakesalongagivenfaultsegmentdonotoccuratrandomintervalsbecauseittakestimetoaccumulatethestrainenergyfortherupture.Theratesofstrainaccumulationattheboundariesoftectonicplatesareapproximatelyuniform.Therefore,nearlyconstanttimeintervals(atfirstapproximation)wouldbeexpectedbetweenlargerupturesofthesamefaultsegment.[However?],therecurrencetimemayvary;thebasicideaofperiodicmainshocksmayneedtobemodifiedifsubsequentmainshockshavedifferentamountsofslipacrossthefault.

新段現(xiàn)在著重闡明了地震的發(fā)生頻率。下劃線標(biāo)明了以前描述過的舊信息。很明顯，新舊信息的連接是理解這段的關(guān)鍵。從舊信息到新信息的流動是使讀者輕松閱讀的最佳方式。寫文章的目的不是去測試讀者的閱讀能力，而是考驗作者的表達能力。不能怪人沒看懂，只能怪自己沒寫清楚。常常聽到這樣的抱怨：那審稿人連這都不懂!審稿人也可以說：連這個也寫不清楚。

讀者對圖表的期望一些沒有耐心的讀者會直接通過圖表來判斷一篇文章是否值得一讀。怎樣能使讀者不需讀正文就能理解圖表是至關(guān)重要的。

對于表來說，由于我們是從左向右閱讀的，我們熟悉的信息應(yīng)該出現(xiàn)在左邊而新的信息出現(xiàn)在右邊。例如，下面列出的表1和表2是僅僅調(diào)換了兩列。比較一下那個表格更易理解。

表1:[1]

表2:[1]

顯然因為我們更熟悉時間作為獨立變量，表2就比表1容易讀些。制表的另一條規(guī)則是把最好的留在最后。也就是最能使人感興趣的結(jié)果應(yīng)該放在最右邊一列或在最后一行，因為這些地方是讀者結(jié)束閱讀并能留下印象的地方。下面的例子比較了各種方法的精度。最后一行展示了現(xiàn)在得到的結(jié)果。

表3:

對于圖，我們至少應(yīng)該對所有的標(biāo)簽（數(shù)字、座標(biāo)和說明）使用大的黑體Helvetica字體。只畫出重要的區(qū)域。盡量不用彩色就能使曲線達到最大的區(qū)分（彩色的圖很貴)。[2]

這是我喜歡的一個圖。它說明了一些畫圖的原理。對你的工作用實線而對別人的工作用點畫線。間隔使用實心和空心符號來使曲線之間的不同更加明確。詳細說明X和Y座標(biāo)，標(biāo)題不用縮寫。

審稿人要什么?

文章在發(fā)表前必須經(jīng)過審稿人的評審。他們一般是相關(guān)領(lǐng)域的專家甚至是你的競爭者。他們會盡力尋找你文章中的毛病。有時，由于不同的觀點和競爭的需要，審稿人或許會試圖阻止你的文章發(fā)表。因此，文章必須寫得理由充足。在被別人挑剔之前，自己必須首先雞蛋里挑骨頭，預(yù)先回答審稿人的可能質(zhì)疑。

怎樣滿足審稿人？

1).只提出“一”個中心命題。論文里的觀點太多，不但不好寫，問題也容易多，讀者也不易記住你要說什么。

2).在這個中心命題的基礎(chǔ)上，用一個迷人(但絕不夸張)的標(biāo)題來吸引審稿人的興趣。無償審稿使審稿人只審批感興趣的論文。如果你不能引起審稿人的興趣，那最好不要發(fā)表那篇文章。編輯們有時候會很郁悶，因為找不到有興趣的審稿人。

3).合理解釋每一個參數(shù)，合理說明每一個步驟。審稿人沒時間考慮細節(jié)。程序和參數(shù)的合理化顯示出你知道你在做什么，而不是湊數(shù)據(jù)。沒理由要找理由，有理由要強調(diào)。

4).問問你自己是否提供了足夠重復(fù)你工作的所有細節(jié)。審稿人(或讀者)越容易再現(xiàn)你的工作，他就越可能接受你的文章。當(dāng)然，審稿人并不會真正去重做你的工作，但你必須通過你的描述使他相信可以重做。

5).必須有說服力！盡量做徹底而不是半成品的工作！用多方面測試來證明你的中心命題。要使文章像律師證明無罪官司，預(yù)先回答一切可能提出的疑問。

6).引用所有重要的研究工作，特別是經(jīng)典力作。寫作的時候要再做全面文獻檢索。

為了達到這些目標(biāo)，寫科學(xué)論文的時候必須遵照一定的框架結(jié)構(gòu)。

文章的結(jié)構(gòu)

典型的科學(xué)論文包括標(biāo)題、摘要、引言、方法/實驗步驟、結(jié)果、討論、致謝，和參考文獻。這樣的結(jié)構(gòu)是用來幫助讀者快速找到他們感興趣的信息。把信息放錯地方會使讀者糊涂。常犯的錯誤是混淆事實(結(jié)果)和解釋(討論)。討論是對結(jié)果的解釋及說明它的意義，而不是重復(fù)結(jié)果的描述。

一篇論文是從摘要，引言開始，這里建議從方法和結(jié)果部分開始寫，因為你對方法和結(jié)果最熟悉，此外只有更好地理解方法和結(jié)果，才能確定中心命題。而標(biāo)題，引言和討論的寫作都需要中心命題。我們應(yīng)該從最熟悉的事情開始，就像讀者從他們最熟悉的地方開始理解一樣。

方法/實驗步驟

如果文章是關(guān)于新的方法、技術(shù)或算法，要非常詳細地寫它的新穎之處。要用有邏輯的、合理的方式來描述它。這會幫助讀者抓住新方法的要領(lǐng)。如果這個方法使用參數(shù)，則要把每一個參數(shù)(或參數(shù)的取值)合理化，或者是以前用過的，或者可以從物理或數(shù)學(xué)推導(dǎo)出來，或者通過了廣泛的測試及優(yōu)化。如果無法保證它的合理性，那就必須描述改變它會造成的影響(實際的結(jié)果應(yīng)該在結(jié)果部分或討論部分，方法部分僅包含影響的描述)。如果沒有測試它們的合理性，你應(yīng)該解釋為什么(做的代價太貴了？太費時間了？或者需要延期到將來做)。參數(shù)改變造成的影響可以衡量方法是否Robust。Robust的方法應(yīng)該是在參數(shù)改變很大的時候，結(jié)果也不會太大變化。

對于新方法的發(fā)展，你同樣需要設(shè)計不同的方法來測試。讓人信服就需要做盡可能多的測試。你所能找到或設(shè)計的測試越多，你的工作就越會被其他人所接受和使用。

當(dāng)完成了方法部分以后，問一問自己以下的問題：1)新的術(shù)語是不是都定義了？2)如果你是第一次讀這部分，你能否得到重復(fù)整個工作的所有信息？記住，不要隱藏任何竅門或使用的捷徑。人們?nèi)绻荒苤貜?fù)你的結(jié)果的話就不會相信你的論文。永遠不要弄虛作假！別人不是傻子，一山更比一山高，聰明的大有人在。如果你偽造數(shù)據(jù)，心存僥幸不會被人發(fā)現(xiàn)。如果真的沒人發(fā)現(xiàn)的話，那就是沒有任何人想重復(fù)或使用你的結(jié)果，那只能說明你的結(jié)果根本不值得發(fā)表，毫無意義。若要人不知，除非己莫為，這是千真萬確的真理。

結(jié)果部分

當(dāng)你開始寫結(jié)果部分時，先考慮一下結(jié)果的意義。也就是說，你理解你的結(jié)果嗎？這些結(jié)果是不是告訴了你更深刻的東西？你能從很多不同角度來理解結(jié)果嗎？你能設(shè)計證明或者反駁你的一些解釋的新測試嗎？

如果你發(fā)現(xiàn)了新現(xiàn)象，你必須證明你的結(jié)果不是你方法制造出來的(討論部分的一個好內(nèi)容)。它可以在不同的條件下重復(fù)嗎？如果你發(fā)展了一個新方法，你必須證明這個方法的重要性。它是否改進了現(xiàn)有的方法？你的結(jié)果部分必須用不同的角度或多重測試來支持新發(fā)現(xiàn)或驗證新方法的重要性。

一旦你對結(jié)果有更好的理解，你需要決定賣點，也就是說這篇文章最有意義的一個觀點是什么？確定這篇文章的中心命題之后要組織所有的段落來證明、支持它，用數(shù)據(jù)(有必要的話再加數(shù)據(jù))來證明它。同時也要排除其它可能性。放棄與中心命題無關(guān)的數(shù)據(jù)，即使這些數(shù)據(jù)是很辛苦得來的。

標(biāo)題

當(dāng)你有了中心命題之后，就該決定文章的標(biāo)題了。標(biāo)題可以為你的方法，你的結(jié)果或結(jié)果的隱含意義做廣告。標(biāo)題是用一句話來概括你的文章。應(yīng)該把最重要，最吸引人的信息放進標(biāo)題。比如，標(biāo)題“Stericrestrictionsinproteinfolding:analpha-helixcannotbefollowedbyacontiguousbeta-strand”主要突出了結(jié)果。另一方面，標(biāo)題“Interpretingthefoldingkineticsofhelicalproteins”突出了結(jié)果的含義。用標(biāo)題“Nativeproteinsaresurface-moltensolids:ApplicationoftheLindemanncriterionforthesolidversusliquidstate”的話，同時突出了方法和結(jié)果的含義。注意標(biāo)題“Nativeproteinsaresurface-moltensolids”是結(jié)果的解釋，而不是結(jié)果本身。用既廣泛又具體的標(biāo)題，這樣才能吸引更多的讀者。

引言部分

中心命題和標(biāo)題都決定了以后，就該寫引言了。第一件該做的事就是圍繞中心命題來收集所有相關(guān)文獻。搜索并研究所有最近和相關(guān)的文章(通過對中心命題關(guān)鍵字的搜索或用引用索引)。確認你有所有最新的論文。引用所有重要的文章。如果你不引用別人的文獻，別人也不會引用你的！如果你想誰引用你的工作，你要先引用他的。你引用的文章越多，他們越可能閱讀并引用你的文章。因為人們更加關(guān)注引用他們的論文。仔細讀你所引用的文章，避免引用錯誤。在引用上，不要偷懶。

引言的第一句最難寫，因為它決定了你整個引言的走向。我的辦法是把第一句和文章的標(biāo)題連起來。在第一段以最基本和常見的術(shù)語來定義標(biāo)題里用的一些術(shù)語。從這個術(shù)語，引入研究的領(lǐng)域和它的重要性。第二段應(yīng)該對這個研究領(lǐng)域作一個鑒定性的論述。如果中心命題是關(guān)于解決一個問題的方法。這一段就應(yīng)該指出這個當(dāng)前研究中現(xiàn)存未解決的問題。描述解決這個問題的難度或挑戰(zhàn)。第三段引入你提出的辦法和它大致會帶來什么效果。你可以大略地描述你的結(jié)果和它的含義。這里有個例子。[3]

Assessingsecondarystructureassignmentsofproteinstructuresbyusingpairwisesequence-alignmentbenchmarks

Thesecondarystructureofaproteinreferstothelocalconformationofitspolypeptidebackbone.Knowingsecondarystructuresofproteinsisessentialfortheirstructureclassification,understandingfoldingdynamicsandmechanisms,anddiscoveringconservedstructural/functionalmotifs.Secondarystructureinformationisalsousefulforsequenceandmultiplesequencealignment,structurealignment,andsequencetostructurealignment(orthreading).Asaresult,predictingsecondarystructuresfromproteinsequencescontinuestobeanactivefieldofresearchfiftysixyearsafterPaulingandCoreyfirstpredicted-helixandthatthemostcommonregularpatternsofproteinbackbonesarethe-sheet.thePredictionandapplicationofproteinsecondarystructuresrelyonpriorassignmentofthesecondary-structureelementsfromagivenproteinstructurebyhumanorcomputationalmethods.

Manycomputationalmethodshavebeendevelopedtoautomatetheassignmentofsecondarystructures.ExamplesareDSSP,STRIDE,DEFINE,P-SEA,KAKSI,P-CURVE,XTLSSTR,SECSTR,SEGNO,andVoTAP.Thesemethodsarebasedoneitherthehydrogen-bondpattern,geometricfeatures,expertknowledgeortheircombinations.However,theyoftendisagreeontheirassignments.Forexample,disagreementamongDSSP,P-CURVE,andDEFINEcanbeaslargeas25%.MorebetasheetisassignedbyXTLSSTRandmorepi-helixbySECSTRthanbyDSSP.Thediscrepancyamongdifferentmethodsiscausedbynon-idealconfigurationsofhelicesandsheets.Asaresult,definingtheboundariesbetweenhelix,sheet,andcoilisproblematicalandasignificantsourceofdiscrepanciesbetweendifferentmethods.

Inconsistentassignmentofsecondarystructuresbydifferentmethodshighlightstheneedforacriterionorabenchmarkof“standard”assignmentsthatcouldbeusedtoassessandcompareassignmentmethods.Onepossibilityistousethesecondarystructuresassignedbytheauthorswhosolvedtheproteinstructures.STRIDE,infact,hasbeenoptimizedtoachievethehighestagreementwiththeauthors’annotations.However,itisnotclearwhatisthecriterionusedformanualorautomaticassignmentofsecondarystructuresbydifferentauthors.Anotherpossibilityistotreattheconsensuspredictionbyseveralmethodsasthegoldstandard.However,thereisnoobviousreasonwhyeachmethodshouldweightequallyinassigningsecondarystructuresandwhichmethodshouldbeusedinconsensus.Otherusedcriteriaincludehelix-cappingpropensity,thedeviationfromidealhelicalandsheetconfigurations,andstructuralaccuracyproducedbysequence-to-structurealignmentguidedbysecondarystructureassignment.

Inthispaper,weproposetousesequence-alignmentbenchmarksforassessingsecondarystructureassignments.Thesebenchmarksareproducedby3D-structurealignmentofstructurallyhomologousproteins.Insteadofassessingtheaccuracyofsecondary-structureassignmentdirectly,whichisnotyetfeasible,wecomparethetwoassignmentsofsecondarystructuresinstructurallyalignedpositions.Weassumethatthebestmethodshouldassignthesamesecondary-structureelementtothehighestfractionofstructurallyalignedpositions.Certainly,structurallyalignedpositionsdonotalwayshavethesamesecondarystructures.Moreover,differentstructure-alignmentmethodsdonotalwaysproducethesameresult.Nevertheless,thiscriterionprovidesameanstolocateasecondary-structureassignmentmethodthatismostconsistentwithtertiarystructurealignment.Wesuggestthatthisapproachprovidesanobjectiveevaluationofsecondarystructureassignmentmethods.

在這個例子里，標(biāo)題推薦了一個評估指派蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的方法。第一段以二級結(jié)構(gòu)的定義開始（與標(biāo)題相連)。整段描述了二級結(jié)構(gòu)的重要性。最后一句過渡到指派二級結(jié)構(gòu)的計算方法（下一段的主題)。注意“計算方法”放在句子的最后是為了強調(diào)而且和第二段的開始連接在起來。第二段則聚焦在計算方法中存在的問題。舊信息“計算方法”逐漸的變到了“它們的不一致”。第三段的第一句把主題從“不一致”（舊信息）轉(zhuǎn)變成了“評估的辦法”（新信息)。然后，介紹了這個領(lǐng)域已有的工作。第四段引入新方法并討論了新方法的優(yōu)點。第五段（這里沒有給出）將會簡要地討論結(jié)果。每一個引言應(yīng)該包括研究領(lǐng)域的介紹和意義，做這工作的具體原因，結(jié)果和隱含的意義。一般而言，讀者讀完引言，對論文的來龍去脈就應(yīng)該清清楚楚了。

討論部分

現(xiàn)在到了你寫論文的最后一部分。很多人認為討論部分最難寫。他們常常不知道該寫什么。學(xué)生常常不能把結(jié)果從他們的解釋、含意和結(jié)論中分離出來。此外，他們不善于思考可能存在的其他解釋。好的討論通常以得到的結(jié)果和解釋的評論開始。其它可用于討論的內(nèi)容有：參數(shù)改變對結(jié)果的影響，與其他研究相比還有待解決的問題，將來或正在進行的工作（防止別人從事你顯而易見的，立刻就能實現(xiàn)的后續(xù)工作)。這里有一段文章中的討論部分。[4]

Onequestionaboutthecomplexhomopolymerphasediagrampresentedhereiswhetheritiscausedbythediscontinuousfeatureofthesquare-wellpotential.WecannotgiveadirectanswerbecausetheDMDsimulationisrequiredtoobtainwell-convergedresultsforthethermodynamics.However,thecriticalphenomenapredictedforafluidcomposedofparticlesinteractingwithasquare-wellpotentialareasrealisticasthosepredictedforafluidcomposedofparticlesinteractingwithaLJpotential.AlsoananalogouscomplexphasediagramisfoundinsimulationsofLJclusters.Thepresentresultsforsquare-wellhomopolymersmaywellbefoundinmorerealistichomopolymermodelsandeveninrealpolymers.

這一段探究了可供選擇的解釋。

摘要部分

整篇文章寫完了。你需要寫文章的摘要了。典型的摘要包括課題領(lǐng)域的重要性（回到標(biāo)題)，要研究的問題，你方法的獨特性，結(jié)果的意義和影響。這里有個例子。[3]

Howtomakeanobjectiveassignmentofsecondarystructuresbasedonaproteinstructureisanunsolvedproblem.Definingtheboundariesbetweenhelix,sheet,andcoilstructuresisarbitrary,andcommonlyacceptedstandardassignmentsdonotexist.Here,weproposeacriterionthatassessessecondary-structureassignmentbasedonthesimilarityofthesecondarystructuresassignedtostructurallyalignedresiduesinsequence-alignmentbenchmarks.Thiscriterionisusedtoranksixsecondary-structureassignmentmethods:STRIDE,DSSP,SECSTR,KAKSI,P-SEA,andSEGNOwiththreeestablishedsequence-alignmentbenchmarks(PREFAB,SABmarkandSALIGN).STRIDEandKAKSIachievecomparablesuccessratesinassigningthesamesecondarystructureelementstostructurallyalignedresiduesinthethreebenchmarks.Theirsuccessratesarebetween1-4%higherthanthoseoftheotherfourmethods.TheconsensusofSTRIDE,KAKSI,SECSTR,andP-SEA,calledSKSP,improvesassignmentsoverthebestsinglemethodineachbenchmarkbyanadditional1%.Theseresultssupporttheusefulnessofthesequencealignmentbenchmarksasthebenchmarksforsecondarystructureassignment.

前兩句陳述了問題。第三句提出了解決辦法。這些句子后面跟著結(jié)果。整個摘要以總結(jié)收尾。注意摘要里的主體部分是結(jié)果及其意義和影響。

總結(jié)

1.認真對待寫作。盡你最大努力花時間寫作。它是科學(xué)研究的重要一環(huán)。文章沒寫好，沒人看，沒人用，等于沒發(fā)表。

2.除非這個研究是全面徹底的，而且你試了所有可以支持你結(jié)論的方法，否則不要去發(fā)表。

3.重新思考，并合理解釋為什么做這項工作，做了什么，什么是最重要的發(fā)現(xiàn)？為什么用這個方法？為什么用這些參數(shù)？什么是以前做過的（更新文獻搜索)？不同在什么地方？

4.要從批判的角度來看你的工作，想一想別人會怎樣來挑毛病。只有這樣，才能找到弱點，進一步發(fā)展。我的許多論文是在反復(fù)討論中大幅度修改，許多計算經(jīng)常要重做。只有理順和理解結(jié)果，文章才會更有意義。

5.要能回答所有合理的質(zhì)疑。如果你自己有疑問，一定要搞清楚，否則別人又怎會相信。不要輕易相信得到的革命性發(fā)現(xiàn)。

6.以高標(biāo)準(zhǔn)嚴(yán)要求寫論文，不與爛文章比，爭取建立自己的品牌。不要隱藏任何事實，不作假，不要低估其他科學(xué)家的智慧。讓你的研究可重復(fù)。把所有的材料和數(shù)據(jù)上網(wǎng)。

7.從頭（標(biāo)題）到尾（結(jié)論或討論）要從舊信息過渡到新信息。永遠不要在句子的開頭引入新信息。切忌在術(shù)語被定義之前使用它們。

8.照抄別人文章里的句子是不道德的。這暴露出作者不愿思考，只走捷徑，不是一個真正科學(xué)家的料。同時抄來的句子常常會打斷文章中原有信息的流通，不利讀者對文章的理解。一定需要用別人的原句，就必須用上引號，并引用該文獻。

9.在段首要有闡明整段主題的句子，在段尾要有連到下段的過渡句。從標(biāo)題到結(jié)論都要連貫。句句相扣，段段相連，讓一篇論文是一個整體而不是雜亂無章地把句子堆積在一起。這樣才能使讀者享受閱讀你的文章。

10.寫，重寫，再重寫。沒有人能第一次就寫好。不花時間，不下功夫，寫不好。我的文章一般要修改十次以上。

結(jié)束語

寫科技論文不能像寫散文，想到哪里就寫到哪里。好的論文就像一部好的小說一樣，需要構(gòu)思策劃，情節(jié)要一環(huán)扣一環(huán)，而結(jié)局是令人意外的。當(dāng)然這一切，前提是你必須有令人激動的結(jié)果。這篇短文的目的是在有較好結(jié)果的基礎(chǔ)上，怎樣更好地實事求是地宣傳你的結(jié)果。主要方法是使文章簡單易懂，條理清楚，同時又全面深刻，令人信服。我反對虛假的包裝，夸張的描述，這樣往往適得其反。事實上，科技論文要避免用帶有情感的形容詞像Exciting或Remarkable來描述你的結(jié)果。也就是說要通過結(jié)果的描述來使讀者體會到“Exciting”或“Remarkable”，讓事實來說話。正如說笑話的人自己不笑會更有效果。

致謝

此文中的一些例子出自“TheScienceofScientificWriting”byG.D.GopenandJ.A.Swan,AmericanScientist,78,550-558,1990.我在杜克大學(xué)Gopen教授1995年年度短訓(xùn)班受益非淺。我要特別感謝我的導(dǎo)師MartinKarplus(哈佛大學(xué))，GeorgeStell(紐約州立大學(xué)－石溪校區(qū)),HaroldL.Friedman(紐約州立大學(xué)－石溪校區(qū))和CarolHall(北卡羅來納州立大學(xué))的鼓勵和指導(dǎo)。沒有他們，我不會有那么多機會練習(xí)英文寫作。最后，我要感謝我的學(xué)生和博士后。他們對科學(xué)的貢獻使我可以繼續(xù)寫論文，基金申請，或評論。此文中的一部分例子來自與他們合作的文章。此文初稿是用英文寫的。由于我的中文打字速度太慢，特別感謝徐貝思幫我翻譯成中文初稿。如果有不妥的地方是我的問題，請多指教。此文在網(wǎng)上出現(xiàn)以后，得到不少關(guān)注。特別感謝趙立平教授的建議及感謝許多校友和網(wǎng)友的指正和鼓勵。

引用：

[1]G.D.GopenandJ.A.Swan,AmericanScientist,78,550-558(1990)

[2]H.ZhouandY.Zhou,Bioinformatics21,3615--3621(2005).

[3]W.Zhang,K.Dunker,andY.Zhou,Proteins,inpress(2007).

[4]Y.Zhou,C.K.Hall,andM.Karplus,Phys.Rev.Lett.77,2822(1996).